請求人は、所有権移転登記（本件登記）を受けた各土地（本件各土地）には、本件登記の時に固定資産課税台帳に登録された価格（台帳価格）があったとして、当該価格をもって登録免許税の課税標準たる価額とすべきである旨主張。
一方、原処分庁は、本件各土地には台帳価格がなく、登記官が登録免許税法施行令附則第３項の規定により、本件各土地に類似する不動産の台帳価格を基に算定した価額（本件登記官認定額）を登録免許税の課税標準たる価額とし、それが適正であるとした。
国税不服審判所は、本件登記の時に本件各土地の台帳価格はなく、請求人の認識の誤りを指摘。また、原処分庁が主張する本件各土地に類似する不動産は、本件各土地とは形状が大きく異なるほか、地積や接道状況等にも違いがあるため、本件各土地に類似する不動産とは認められない。よって本件登記官認定額は、登録免許税法施行令附則第３項に規定する登記機関が認定した価額として適正なものとはいえない。そして、当審判所における調査の結果においても、本件各土地に類似する不動産は存在しないから、本件各土地の登録免許税の課税標準たる価額は、本件各土地を固定資産評価基準に定める評価方法に則して算定するのが相当とした。
■参考：国税不服審判所｜台帳に登録された価格のない土地に類似する不動産は存在せず、固定資産評価基準に定める評価方法に則しての算定が相当とした事例（令和6年5月27日裁決）｜
